Skólaakstur Þjórsárskóla er að hluta sameiginlegur með Flúðaskóla. Skólabílar eru sex og tveir aka á Flúðir en fjórir eingöngu að Þjórsárskóla. Skólaakstur er sameiginlegur að morgni þannig að nemendur skiptast í rétta bíla eftir skólum ýmist í Gunnbjarnarholti eða Árnesi eftir búsetu. Einu sinni í viku er heimakstur sameiginlegur með skólunum tveimur, það er í lok vikunnar á föstudögum.
Mikilvægt er að foreldrar hafi beint samband við bílstjóra um breytingar, t.d. ef nemandi fer ekki heim, mætir ekki í skólann af einhverjum orsökum eða á að fara annað en heim eftir skóla. Foreldrar verða að tryggja að bílstjórar geti gert breytingar vegna takmarkana vegna fjölda nemenda og akstursleiða.
Skólareglur gilda í skólaakstri.
